Convertir des videos en flash (style youtube)

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Bonjour, je souhaite savoir s'il existe un moyen de convertir des videos (avi, mov, wmv) en flash.

Je m'explique: j'ai des videos dans un dossier sur mon serveur que je souhaite convertir AUTOMATIQUEMENT (traitement de masse) pour qu'on puisse les lire a travers un lecteur flash.

S'il existe plusieurs possibilités qu'avec DRUPAL, je suis preneur.

Merci d'avance

Version de Drupal : 

Il faut installer un programme sur le serveur ce qui est impossible avec free.

Par contre j'ai des videos flash dans un dossier. Avec une commande php j'arrive à les lister et à en faire des liens automatiquement. Par contre quand je clique sur les liens créés, il n'y a pas de lecteur flash defini. Comment faire en sorte pour que chaque lien créés automatiquement vers un .flv, s'ouvre dans un lecteur flash automatiquement?

Merci d'avance