probleme de duplicate content sur un "sous-site"

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Salut a tous,
j'ai lancé un nouveau site en ligne mais je me rend compte en regardant Google webmaster tools que j'ai un gros probleme de duplicate content, et je n'ai malheureusement pas la connaissance pour y remédier.
Voila le probleme:
Je loue un serveur dédié, sur lequel j'ai 2 sites.
La structure de mon serveur est donc ainsi:
www (premier site)
dossier: (deuxieme site)

Je me rends compte que google accede a mon deuxieme site a la fois avec l'adresse:
http://www.deuxiemesite.com

mais aussi avec:
http://www.premiersite.com/deuxiemesite.com

J'imagine que c'est tres mauvais pour mon référencement, je pense que je dois pouvoir faire quelque chose sur le htaccess, mais quoi??

Si quelqu'un a déja rencontrer ce probleme, ou connait la réponse, aidez-moi s'il vous plait!
A plus!

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