Déploiement de nouvelle version, Drupal multi-sites

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Bonjour à tous,

Je développe actuellement une solution Drupal multi-sites. Pour remettre dans le contexte, j'héberge des sites de "guildes" (des groupes de joueurs de jeux en ligne) et chacun de ces sites est un Drupal, géré par une installation multi-sites.
Concrètement, la base utilisateurs est partagée, ainsi que les différents modules (dans sites/all).

Les gestionnaires des sites n'ont pas le droit d'installer eux-mêmes des modules. En effet, c'est nous qui enrichissons l'offre globale en proposant de nouveaux modules, types de contenus, etc.

Actuellement, lors de la création d'un site, il s'installe via une réplication d'une base de données "modèle" qui provient d'un site modèle également, que nous enrichissons au fur et à mesure.

Ma question est la suivante : il me semble difficile en continuant comme cela de mettre à jour les sites existants. En effet, si je rajoute un module, la base de données "modèle" va être modifiée. Pour un nouveau site pas de problème, par contre pour un site existant c'est impossible car cela effacerait toute les données précédemment crées. J'aimerais donc savoir s'il existait un moyen de faire ces genres de mises à jour de bases de données, un peu comme avec un outil de versionning comme Git (qui change uniquement ce qu'il y a à changer).

Il y a peut-être un module qui pourrait répondre à mes besoins, dans ce cas-là je serais très intéressé si vous avez des suggestions.

Merci d'avance de votre aide, je reste bien entendu à votre disposition afin de fournir des renseignements complémentaires.

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Version de Drupal : 

L'ajout d'un module lui-même ne supprime pas la base de données, on est d'accord là-dessus.

Le truc qui est compliqué, c'est que je veux activer le module sur plusieurs sites en même temps (disons une centaine), et que je ne peux évidemment pas faire ça à la main.

Autre exemple, je veux déployer une nouvelle règle du module Rules sur l'ensemble des sites. La solution que j'imagine est un export/import de la table contenant la configuration de Rules, ce qui écraserait des éventuelles rules déjà en place.

Voilà les genres de soucis que j'essaie de régler :)